Miesto inštalácie nástennej-fancoilovej jednotky priamo ovplyvňuje jej chladiaci/ohrievací účinok a distribúciu prúdenia vzduchu. Výber správnej polohy môže maximalizovať výkon jednotky a zlepšiť vnútorný komfort.
Pre režim chladenia je ideálne miesto inštalácie na stene nad oknom, asi 2-2,3 metra nad zemou. Táto poloha umožňuje, aby studený vzduch po vyfúknutí prirodzene klesol, čím sa vytvorí mierna cirkulácia vzduchu v celej miestnosti, čím sa zabráni priamemu fúkaniu na ľudí. Pre režim vykurovania by mala byť jednotka inštalovaná čo najnižšie na stene (najlepšie pri zemi), aby sa zabezpečilo, že teplý vzduch bude privádzaný najskôr do spodnej časti miestnosti, čím sa vyrieši problém studených nôh spôsobený stúpajúcim horúcim vzduchom.
Je tiež potrebné vyhnúť sa inštalácii jednotky v blízkosti zdrojov tepla, ako sú kachle alebo radiátory, ako aj v rohoch so zlou cirkuláciou vzduchu. Okrem toho by mala byť jednotka umiestnená v určitej vzdialenosti od nábytku, ako sú postele a pohovky, aby sa zabránilo blokovaniu prúdenia vzduchu a zabezpečilo sa rovnomerné rozloženie vnútornej teploty.
