Fan coil jednotky nie sú zodpovedné len za reguláciu vnútornej teploty, ale zohrávajú dôležitú úlohu aj pri zlepšovaní kvality vzduchu v interiéri. Väčšina fancoilových jednotiek je vybavená vysokoúčinnými vzduchovými filtrami na vstupe vzduchu, ktoré dokážu efektívne zachytávať prach, peľ, srsť domácich zvierat a iné častice znečisťujúce ovzdušie.
Keďže jednotka nepretržite cirkuluje vnútorný vzduch, opakovane prechádza cez filter, čím sa postupne znižuje koncentrácia suspendovaných častíc vo vzduchu. Pre používateľov s alergiami alebo citlivosťou dýchacích ciest môže táto funkcia výrazne znížiť riziko vystavenia alergénom. Niektoré pokročilé modely tiež podporujú voliteľné upgrady filtrov, ako sú antibakteriálne filtre alebo HEPA filtre, ktoré môžu ešte viac inhibovať rast baktérií a plesní a dokonca blokovať jemné častice ako PM2,5.
V kombinácii s pravidelným čistením alebo výmenou filtra môžu fancoilové jednotky udržiavať čistejšie a zdravšie vnútorné prostredie vzduchu, najmä v uzavretých priestoroch, ako sú kancelárie a domácnosti, kde je prirodzené vetranie obmedzené.
